Con la finalización de los octavos de final de la Copa Libertadores, el Ranking Conmebol para el Mundial de Clubes 2029 ha sufrido cambios significativos. Boca Juniors y River Plate, al participar en la Copa Sudamericana, no suman puntos en este ranking y están lejos de repetir la clasificación lograda en 2025, en caso de que la FIFA decida organizar nuevamente el torneo.

El sistema de puntuación es el mismo que se utilizó en la primera edición del certamen. Los clubes obtienen tres puntos por cada victoria en la fase de grupos, uno por empate y tres adicionales por avanzar de ronda. Al finalizar el ciclo 2025-2028, los dos equipos mejor ubicados en el ranking que no hayan sido campeones en ese período obtendrán su clasificación directa. Flamengo, campeón de la última Libertadores, ya tiene asegurada su participación.

Boca Juniors ha sumado solo nueve puntos en la fase de grupos de este año, tras no clasificarse a la Copa anterior, mientras que River Plate, que llegó a cuartos de final en 2025, no ha sumado más puntos al ausentarse de la actual Libertadores, quedándose con 23. Esta situación ha permitido que varios equipos argentinos y sudamericanos superen a ambos en el ranking. Además, si otro club brasileño gana la Libertadores en los próximos tres años, todos los equipos de Brasil serán eliminados del ranking y solo podrán clasificar si también ganan la Copa.